1、血球計數板法:
這種方法簡便，直觀，快捷，但只適宜于單細胞狀態的微生物或絲狀微生物所產生的孢子進行計數，并且所得結果是包括死細胞在內的總菌數。
 
2、染色計數法：
為了彌補一些微生物在油鏡下不易觀察計數，而直接用血球計數板法又無法區分死細胞和活細胞的不足，人們發明了染色計數法。
 
3、比例計數法：
將已知顆粒（如霉菌孢子或紅細胞）濃度的液體與待測細胞濃度的菌液按比例均勻混合，在顯微鏡視野中數出各自的數目，即可得未知菌液的細胞濃度。
 
4、液體稀釋法：
對未知菌樣做連續十倍系列稀釋，根據估計數，從適宜的三個連續的10倍稀釋液中各取5毫升試樣，接種1毫升到3組共15只裝培養液的試管中，經培養后記錄每個稀釋度出現生長的試管數，然后查然數表MPN（most probably number）得出菌樣的含菌數，根據樣品稀釋倍數計算出活菌含量。該法常用于食品中微生物的檢測，例如飲用水和牛奶的微生物限量檢查。
 
5、平板菌落計數法：
這是一種常用的活菌計數法。但方法比較麻煩，操作者需有熟練的技術。平板菌落計數法不僅可以得出菌液中活菌的含菌數，而且同時將菌液中的細菌進行了一次分離培養，獲得了單克隆。
 
6、試劑紙法：
在平板計數法的基礎上，發展了小型商品化產品以供快速計數用。試劑紙法計數快捷準確，相比而言避免了平板計數法的人為操作誤差。
 
7、膜過濾法：
用特別的濾膜過濾定量體積的含菌樣品，經丫叮橙染色，在紫外顯微鏡下觀察細胞的熒光，活細胞會發橙色熒光，而死細胞則發綠色熒光。